Lembaga Penjaminan Mutu adalah unit yang bertanggung jawab terhadap pelaksanaan dan pengembangan Sistem Penjaminan Mutu dan Sistem Manajemen Mutu di lingkungan STAI Muhammadiyah Blora. Lembaga Penjaminan Mutu berkedudukan di Sekolah Tinggi dan bertanggung jawab kepada Ketua STAI Muhammadiyah Blora. Lembaga mempunyai perwakilan di tingkat Fakultas yang disebut dengan nama Gugus Kendali Mutu (GKM) Fakultas dan Program Studi. Lembaga Penjaminan Mutu dan perangkatnya merupakan wakil dari manajemen dalam hal yang berkaitan dengan Sistem Manajemen Mutu
